洛克菲勒从领到第一份薪水开始，就开始捐款给教会。随着他往后财富的增加，这份捐助也跟着增加，主要是教育与医药方面，科学与艺术亦有。退休后洛克菲勒几乎将全部的精力放到了发展慈善事业上。从19世纪90年代开始，他每年的捐献都超过100万美元。洛克菲勒的捐款总额达5亿5千万美元之多，占个人总资产的40%，相当于今天的2000多亿。通过建立家族基金会等方式，洛克菲勒家族开创了美国现代慈善管理运营模式。
值得一提的是对洛克菲勒慈善事业影响巨大的人物——弗雷德里克·盖茨（Fredrick Gates）出现了。早在1890年前后，盖茨和洛克菲勒便相识，那时盖茨为芝加哥建立一所新大学而争取洛克菲勒的资助。在相处中，盖茨的言谈给洛克菲勒留下了深刻印象。他很快发现盖茨具有出色的调查研究能力，能在投资方面给出很好的建议。而洛克菲勒也赢得了对方的欣赏。二人一拍即合，自1891年起，盖茨便专门帮助洛克菲勒料理慈善事业。
Fredrick·T· Gates
洛克菲勒认为，通过投资和捐赠的形式，充分利用自身资源，推动文明进步，这才应该是一个人的理想。以“文明”作为真正拯救他人的武器，洛克菲勒的这支团队初步将慈善事业分成了这几个方向：
第一，生活条件的改善，即物质上更丰富。这包括吃、穿、住、行及卫生、公共健康等得到改善，同时也包括商业、制造业得到发展，公共财富不断增加等。
第二，政府执政能力的改善和法律的进步。这也就是说，政府将制订出保证每个人公正和平等的权利及最大限度地捍卫个人自由的法律。而且，这一法律还会得到有效彻底的执行。
第三，文学和语言的进步。
第四，科学和哲学的进步。
第五，艺术和品位的进步。
第六，道德和宗教的进步。
也是在此时，盖茨提出，要在洛克菲勒的慈善事业中引进和发展科学赠予的原则，让洛克菲勒放弃“零售赠予”，转向“批发慈善”，后者指的是数百万美元的巨额捐赠。他要启动的批发式慈善，以科学慈善为宗旨，将社会改造与慈善紧密联系起来。
▲医学研究所
之所以选择成立医学研究所，一方面是出于“改善生活条件这一理念”，另一方面则要归功于盖茨。盖茨发现，自然科学科系中，天文学、化学、物理学等在大学内都能收到许多捐赠，但因为商业运作的关系，医学院得到的捐赠却很少，科研只能靠个人力量，而且缺乏相应的实验设备。盖茨敏锐地意识到，对医学的资助将是洛克菲勒难得的机会，能为他的国家甚至全世界做出巨大贡献。
后来洛克菲勒医学研究所（The Rockefeller Institute for Medical Research）便成立了，洛克菲勒每年为此处捐赠两万美元，此外，研究所还聘请了一批当时在美国医学界享有盛名的权威人士，比如约翰斯·霍普金斯大学的威廉·韦尔奇（William Welch）、原宾夕法尼亚大学病理学教授西蒙·弗莱克斯纳（Simon Flexner）等，由此建立起一家世界级的医学研究中心，同时也开启了洛克菲勒对医学教育的持续捐赠。
这所医学研究所在1965年提供大学教育后，改名为现在的洛克斐勒大学。洛克菲勒医学研究所根除了长期困扰美国南部农村地区的钩虫病，截至2021年，洛克菲勒大学在生理学或医学、化学领域拥有38位诺贝尔奖获得者（校友及教职工），是世界上在生物医学领域拥有诺贝尔奖最多的机构。
▲普通教育委员会
曾在1884年，洛克菲勒就提供了主要资金给一所在亚特兰大的黑人女子大学，这就是未来的Spelman College。该校最古老的一栋建筑洛克菲勒大厅就是以他命名。
后来，在盖茨的主导下，洛克菲勒于1902年成立普通教育委员会（General Education Board，GEB），致力于调查美国南方教育现状，宗旨是推进美国每一阶层的教育，尤其是弱势的南方黑人的教育。1880年末~1910年期间，洛克菲勒共提供了3500万美元给芝加哥大学，让当时这个小小的浸信会学校成为世界级的顶尖大学。日后他回到该校演说时高兴的评论：“这是我所做过最棒的投资。”洛克菲勒也对耶鲁大学、哈佛大学、布朗大学提供过资助。
谈及对教育的关注，洛克菲勒在自传中表示：我们成立普通教育委员会的目的，是为了以合乎程序和相对系统科学的方式，解决在推进和改善全国各地教育事业中出现的问题。同时，以这种方式刺激类似的组织发展。
▲劳拉斯佩尔曼洛克菲勒纪念基金会
为了纪念妻子，洛克菲勒在1918年10月建立了劳拉?斯佩尔曼?洛克菲勒基金会。该基金会主要资助儿童教育、公共卫生等方面。1928年该基金会与洛克菲勒基金会合并。
▲洛克菲勒基金会
由于资产庞大，经过多次商讨，1909年6月29日，洛克菲勒签署了一项信托契约，将标准石油公司72569支股份市值5千万美元，交给小洛克菲勒、女婿哈罗德·麦考密克（Harold McCormick）和盖茨，以此成立洛克菲勒基金会。
基金会的资金来自老洛克菲勒，他在1913年以及1919年分两次直接给基金会注入价值1.82亿美元的资产，随后，基金会还合并了老洛克菲勒之前设立的教育机构以及他为其妻子设立的纪念基金，这让基金会的资产达到2.5亿美元。
新成立的洛克菲勒基金会根据以往经营慈善事业取得的经验，设定了一些工作框架，比如将个人性的慈善和救济排除在外，选择资助能够在当地形成示范效应的机构，与当地社区合作分担经费，以免损害受资助方的独立性。在资助福利院，减轻孤儿、盲人和残障人士的痛苦与根除个人及社会弊病之间，基金会优先考虑后者。
洛克菲勒和中国也有很深的渊源。洛克菲勒基金会刚成立不久，在考察团的建议下，洛克菲勒基金会组建了“中华医学基金会”。1915年，洛克菲勒先后出资750万美元，创办了北京协和医院。
据洛克菲勒基金会官网显示，其资产规模已从创建之初的1亿美元增至2016年的超40亿美元，通过创造性的合作伙伴关系和创新投资来改善电力、食品和医疗保健领域，并获取经济机会。截至目前，洛克菲勒基金会已经捐赠超过170亿美元，不接受或审查未经请求的赠款提案，主要资助领域包括医疗、教育、文化和科学技术。
基金会专注于四个核心承诺：结束能源贫困，实现人人健康，滋养世界，并扩大经济机会。“我们正在通过创新伙伴关系和影响力投资来实现这些目标，这些投资找到了利用私人资本来促进社会利益的新方法。”
洛克菲勒基金会主要有两个功能，一是捐赠和慈善，负责花钱；另一个是资产配置，负责赚钱。从资产配置上来说，该基金会资金运作之初全部是证券，1962年卖掉了标准石油股票，1984年开始投资国外股票，1985年开始涉足风险投资与私募股权，2005年开始投资对冲基金。
如今，其投资组合包括公开交易的固定收益和股权证券另类投资，以及为再投资而持有的现金另类投资，包括对冲基金、实物资产（如房地产）和私人投资股票基金投资。
洛克菲勒基金会是洛克菲勒家族建立的第一个基金会，也一直是家族最重要的慈善机构。洛克菲勒基金会的发展历程与模式可看作是洛克菲勒家族慈善事业甚至美国家族慈善的一个缩影与典型，是美国家族慈善事业走向现代管理模式的重要代表。
洛克菲勒兄弟基金会始于对家族慈善文化的传承和家族团结的认同。据戴维的回忆录描述，在20世纪四十年代，已逾六旬的小洛克菲勒仍然是家族财富和慈善事业的“统帅”，下一代洛克菲勒兄弟5人却已纷纷步入不惑、而立之年。兄弟一代希望加快接管家族事业的进程，组成了对小洛克菲勒的“统一战线”，兄弟们大约每两个月会面一次。会面的目的，一方面是更加有效地管理家族事务，另一方面让兄弟间保持个人层面的联系。兄弟间在慈善事业上的兴趣存在很大差异，也会根据自己的喜好与经济状况来对慈善组织的请求做出不同的回应。
从成立到2000年这六十年里，洛克菲勒兄弟基金会对慈善活动捐款总额达5.26亿美元。当前，在一个新的项目体系下，洛克菲勒兄弟基金会围绕民主实践、和平建设、可持续发展这三个主题开展工作。基金会在世界范围内确定几个开展跨项目的“洛克菲勒兄弟基金会的关键地区”，这些都是涉及地方、民族国家和跨国界层面，对基金会关切议题有重大意义，将对周边产生非同一般影响的地区。洛克菲勒兄弟基金会会根据世界局势变化来确定“关键地区”，目前包括纽约、西巴尔干地区和中国南方。
在机构治理方面，1952年，基金会创始者们开始吸纳非家族成员进入理事会。1958年，第三代洛克菲勒兄弟的嫡长子 ( 女 ) 们进入理事会，1992年，家族第五代嫡长子 ( 女 ) 进入理事会。至今，洛克菲勒家族共三代人近40位成员，都曾担任兄弟基金会理事，包括两位顾问理事与一名理事长。当前，基金会理事会共有理事成员20位，有5位家族成员位列其中。家族成员包括约翰·洛克菲勒三世、尼尔森、劳伦斯等人都曾担任基金会主席，但到 1958 年后，基金会的五任主席均由非家族成员担任。
洛克菲勒家族基金会是家族第四代开展慈善事业的主要媒介。为了扩大约翰·D·洛克菲勒及其之后的三、四代洛克菲勒家族成员的慈善事业，小洛克菲勒的第二任妻子玛莎和约翰·洛克菲勒三世、劳伦斯、尼尔森及戴维在1967年建立了洛克菲勒家族基金会。
洛克菲勒家族基金会一直保持着慈善战略上的远见，并格外注意创新慈善事业。在运作模式上，洛克菲勒基金会结合了资助型与倡导型两种截然不同的模式，一边同大多数基金会一样，向NGO提供资金支持；一边通过直接运作项目来解决社会问题。
这种混合模式的好处在于，家族基金会一方面同基金会社区建立伙伴关系，可以找到更大范围的潜在资助者，另一方面保持了许多基金会所不具备的灵活性。因此，洛克菲勒家族基金会的策略是首先通过资助组织来解决社会问题、满足社会某一需要，如果没有相关组织，则由基金会自己召集技术、咨询、专业人员来予以解决。一旦问题解决，基金会将转到其他新议题。这种短平快的方式与洛克菲勒基金会数十年如一日专注于某一领域的风格截然不同。
迄今已有超过40位家族成员在洛克菲勒家族基金会理事会工作过。当前，基金会理事会共有13位成员，其中三位是家族成员，其他理事是来自商界、学术、NGO等领域的非家族人士。
